但通常發包人不會主動提出違約金的訴求，而是在承包人主張工程款時提出抗辯或者反訴。而由于工程結算周期較長的原因，在司法實踐中不少案件都是承包人在竣工驗收后兩年、三年甚至更長時間才向人民法院提起訴訟。在這種情形下，若發包人主張工期逾期及質量問題作為抗辯或提起反訴，對于發包人主張的工期逾期違約金是否會超過訴訟時效，以及是否可以使用逾期違約金與工程款進行抵銷，這在司法判例中也有不同的結果。
下面我們將對逾期違約金的時效及違約金抵消工程款的問題進行解讀。探討合理主張逾期違約金及通過違約金抵消對方工程超期造成的損失，提出相關風險防范的若干建議。

一、明確工期逾期違約金的訴訟時效起算時間

“工期逾期違約金”、“工期延誤違約金”、“逾期完工違約金”、“工期違約金”等均指同一含義，即因工期逾期竣工，發包人可以基于施工合同約定向承包人主張的違約金。
逾期違約金屬于債權，需要發包人在法定的訴訟時效內行使權利。要避免違約金的訴訟時效超期，就要先弄清逾期違約金的訴訟時效從何時起算。在司法實踐中，對于工期逾期違約金訴訟時效的起算時間存在以下兩種不同的觀點：
1.以工程竣工驗收之日起算。這個觀點的依據是：竣工驗收后，工期逾期的事實即已確定和固定，發包人就可以主張工期逾期違約金。如2018湘民再446號案，湖南省高級人民法院在判決書中指出——“本案涉案工程于2011年7月12日竣工驗收，此時萬聯公司應當知道衡洲公司逾期完工的事實，其應當自竣工驗收日起兩年內主張逾期完工的違約金。萬聯公司沒有證據證明該兩年內發生訴訟時效中止或中斷的事由，其于2017年5月25日才向一審法院提起反訴要求衡洲公司支付逾期完工違約金，已經超過訴訟時效。”
2.未明確具體起算時間，但是，如未完成竣工結算，則認定未超過訴訟時效（有觀點直接認為是以竣工結算之日起算）。此觀點的依據是：
（1）工期逾期違約金作為索賠事項，應當在竣工結算中一并核定處理，如未完成結算，則未超過訴訟時效。如（2017）豫民申3041號案，河南省高級人民法院認為，“本案系建設工程施工合同糾紛，合同約定的工程款尚未結算完畢，也未就工期違約金及備案違約金進行協商和處理，故鼎和公司違約金的訴請未超訴訟時效期間。”（2012年竣工驗收，2016年起訴）
（2）施工合同約定，工期逾期違約金以結算金額的一定比例計算，如未完成結算，則違約金金額無法確定。如（2015）浙嘉民終字第579號案，嘉興市中級人民法院認為，“合同約定工期延誤的，承包人承擔每誤期一天支付總結算造價的萬分之二的違約金。而竣工驗收合格時，涉案工程的總結算造價并未確定，導致工期延誤違約金無法確定，春曉公司亦無法主張違約金。”（2009年竣工驗收，2012年起訴）
（3）施工合同約定，違約金可以在工程款中予以扣除，如未完成結算，則未超過訴訟時效。
對于訴訟時效的上述兩種觀點，筆者傾向于按照第一種觀點進行維權，即以竣工驗收之日起算，理由如下：
（1）發包人的工期逾期違約金請求權與承包人的工程價款請求權是相互獨立的，應當各自獨立起算訴訟時效。
承包人的工程價款請求權，是基于發包人違反施工合同約定的付款期限而產生的，如發包人未按時按期支付價款，承包人就可以主張。而發包人的工期逾期違約金，則是基于承包人逾期竣工、遲延交付合格的建設工程而產生的，應當自逾期竣工以后才可以主張，并且該項主張具有獨立的給付請求內容，具備“訴”的全部條件，屬于獨立的訴。如發包人不提起反訴，同樣可以另行提起訴訟，因此是完全獨立的訴，其與承包人的工程價款請求權的訴訟時效各自獨立起算。
（2）根據《民法總則》第188條第二款規定：“訴訟時效期間自權利人知道或者應當知道權利受到損害以及義務人之日起計算。”在工程竣工驗收后，是否存在工期逾期及逾期原因、逾期天數等事實均已固定和確定，可以認定發包人“知道或者應當知道權利受到損害”，其基于合同債權被侵害而產生的工期逾期違約金請求權已經產生，應當在工程竣工后馬上向承包人提出違約金賠償的訴求，以避免訴訟時效超期的風險。

二、發生工程逾期后，發包人在結算完成前應書面向承包人提出違約金的主張

在司法實踐中，在未完成結算的情況下發包人拒付工程款，且明確提出與工期逾期違約金相關的抗辯及相應證據，法院會認定為訴訟時效中斷。如未及時提出抗辯及相應證據，則會認定沒有發生訴訟中斷或中止的情形，發包人主張工期逾期違約金訴訟時效仍然自竣工驗收之日起算。因此，在出現建設工程逾期完工的情況時，公司作為發包人應該第一時間向承包人致函，通過書面文件向對方主張逾期交付的違約金主張。

三、以工期逾期違約金抵銷工程款

當工期逾期違約金超過訴訟時效后，發包人還可以提出以逾期違約金抵消工程款的主張。雖然已超過訴訟時效，但根據《合同法》第99條規定，工期逾期違約金仍可以與工程款進行。
超過訴訟時效的債權能否用于債權抵消，這主要涉及理論和實踐中的一個爭議問題，即超過訴訟時效的債權能否行使法定抵銷權。我國《合同法》第99條規定，“當事人互負到期債務，該債務的標的物種類、品質相同的，任何一方可以將自己的債務與對方的債務抵銷，但依照法律規定或者按照合同性質不得抵銷的除外。”該條款對此并未做明確規定，實踐中存在“肯定說”和“否定說”兩種不同觀點。
對于超期債權能否抵消的分歧，最高人民法院在2019年第4期公報案例“廈門源昌房地產開發有限公司與海南悅信集團有限公司委托合同糾紛案”中提出以下裁判觀點：“雙方債務均已到期屬于法定抵銷權形成的積極條件之一。該條件不僅意味著雙方債務均已屆至履行期，同時還要求雙方債務各自從履行期屆至到訴訟時效期間屆滿的時間段，應當存在重合的部分。在上述時間段的重合部分，雙方債權均處于沒有時效等抗辯的可履行狀態，‘雙方債務均已到期’之條件即為成就，即使此后抵銷權行使之時主動債權已經超過訴訟時效，亦不影響該條件的成立。因被動債權訴訟時效的抗辯可由當事人自主放棄，故在審查抵銷權形成的積極條件時，當重點考察主動債權的訴訟時效，即主動債權的訴訟時效屆滿之前，被動債權進入履行期的，當認為滿足雙方債務均已到期之條件；反之則不得認定該條件已經成就。抵銷權的行使不同于抵銷權的形成。作為形成權，抵銷權的行使不受訴訟時效的限制。我國法律并未對法定抵銷權的行使設置除斥期間。在法定抵銷權已經有效成立的情況下，如抵銷權的行使不存在不合理遲延之情形，綜合實體公平及抵銷權的擔保功能等因素，人民法院應認可抵銷的效力。”
根據最高人民法院發布的案例可以看出，使用逾期違約金進行工程款的抵消是符合法律規定的，是公司依法維權的重要途徑。

為更好的規避風險，公司作為發包人應做好以下幾點：

（1）要在建設工程施工合同明確約定索賠期限條款，可參考《建設工程施工合同（示范文本）》（ＧＦ—2017—0201）第19條的約定發包人和承包人的“索賠期限”，第19.3條約定：“發包人應在知道或應當知道索賠事件發生后2天8內通過監理人向承包人提出索賠意向通知書，發包人未在前述28天內發出索賠意向通知書的，喪失要求賠付金額和（或）延長缺陷責任期的權利。”發包人主張工期逾期通常是在竣工驗收以后，且不應認定發包人未在約定的索賠期限內提出而喪失索賠權利。
（2）發包人認為工期逾期需要索賠的，應當在竣工之日后、最遲在結算完成前，通過書面的方式向承包人明確提出。
（3）合理使用抵消權，通過逾期違約金金抵消工程款，加快維權效率。
綜上所述，公司主張逾期違約金求償，應當先確定違約金的訴訟時效，明確公司索賠的時間期限。其次應按照工期違約金請求權產生時（即竣工驗收之日）向承包人書面提出違約金的訴求；最后對于當違約金超過訴訟時效時，還可以利用抵消權作為救濟手段。通過這幾種方式，依法維護公司作為發包人的合法權益。