法律分析：
首先我們認識到，鑒于我們的認識手段和認識能力的局限性，在每個訴訟中均可能發生當事人對案件真實過程的闡述不能達到使法官獲得自由心證的情況。但法官不可能因對客觀事實問題懷有疑問而使法律事實真偽不明。
關于法律事實，這里存在兩個相反的觀點：
觀點一：買方持有發票，在訴訟中處于優勢證據地位，賣方沒有舉出有效證據證明付款事實不存在，因此可認定付款事實存在。
觀點二：發票僅僅是完稅憑證，不是付款憑證，不能證明付款的事實，買方付款后應當索取并持有收據，以證明收款方已收取該款項。故買方僅僅依據發票主張已付款的理由不能成立。

小編同意觀點二。
觀點一提到賣方沒有提供強有力的未付款證據，消極事實本身難以證明，將消極事實的舉證責任分配給賣方過于苛責。
觀點二的論述重點是發票不是付款憑證。
發票分為普通發票和增值稅專用發票。關于普通發票，《買賣合同司法解釋》第八條第二款規定，合同約定或者當事人之間習慣以普通發票作為付款憑證的，買受人以普通發票證明已履行付款義務的，人民法院應予支持，但有相反證據足以推翻的除外。這里看出，普通發票不等同于付款憑證，僅在兩種情況下且無相反證據推翻才可作為付款憑證。關于增值稅專用發票，《買賣合同司法解釋》顯然將增值稅專用發票和普通發票在買賣合同中的地位予以區別對待，未提及其可作為付款憑證的情形，另《買賣合同司法解釋》第八條第一款規定，出賣人僅以增值稅專用發票及稅款抵扣資料證明其已履行交付標的物義務，買受人不認可的，出賣人應當提供其他證據證明交付標的物的事實。上述規定可看出，增值稅專用發票不能必然證明賣方已交付標的物，根據付款一般不會早于標的物交付的交易習慣，增值稅專用發票也不能必然證明買方已經付款。
實務建議：
給買方的建議：付款采用轉賬的方式，盡量避免用現金，付款后讓賣方寫個收據。
給賣方的建議：最好是先付款后開發票，若需要先開發票后申請付款，在合同中當中寫明先開票，若可能買方實在強勢，不愿意在合同中寫明先開票，在發票后注明，要求買方見票后付款至指定賬戶。