《行政處罰法》第44條規(guī)定，“行政處罰決定依法作出后，當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)在行政處罰決定的期限內(nèi)，予以履行。”根據(jù)這一規(guī)定，政府部門發(fā)現(xiàn)違法建筑在建時，應(yīng)依據(jù)《城鄉(xiāng)規(guī)劃法》等法律法規(guī)的規(guī)定作出責(zé)令停止建設(shè)的行政處罰。如果違建人在行政處罰決定的期限內(nèi)不予履行，在履行公告、告知復(fù)議或訴訟、催告等法定程序后，就可以依法拆除。

《行政強制法》第四十四條規(guī)定：“對違法的建筑物、構(gòu)筑物、設(shè)施等需要強制拆除的，應(yīng)當(dāng)由行政機關(guān)予以公告，限期當(dāng)事人自行拆除。當(dāng)事人在法定期限內(nèi)不申請行政復(fù)議或者提起行政訴訟，又不拆除的，行政機關(guān)可以依法強制拆除。”根據(jù)這一規(guī)定，當(dāng)事人申請行政復(fù)議或者提起行政訴訟期間，行政機關(guān)是不可以強制拆除的。然而違法建筑若出現(xiàn)在征地拆遷中，綜合違法建筑的認定考量因素和處理原則，可以作如下處理：

1、 第一種情況不屬于違法建筑的范疇，屬于因歷史原因合法建造的房屋，可依《物權(quán)法》第30條取得物權(quán)，應(yīng)當(dāng)完全納入拆遷征收補償范圍。

2、 第二種情況屬于在當(dāng)事人無違法主觀認識下客觀上形成的存量違法建筑，如果自具體認定和處理時間節(jié)點往前計算在處罰時效內(nèi)，按第《行政處罰法》第44條處理；如果在處罰時效之外，就應(yīng)按照《行政處罰法》第29條而不予追究，基于已經(jīng)穩(wěn)定的社會關(guān)系，應(yīng)當(dāng)完全納入拆遷征收補償范圍。        

3、 第三種情況造成的存量違法建筑，當(dāng)事人與政府均有過錯。由于政府在行政管理關(guān)系中的地位處于強勢地位，其過錯程度也應(yīng)高一些。在對該等存量違法建筑進行處理時，應(yīng)當(dāng)納入拆遷征收補償范圍予以適當(dāng)補償，比例可以考慮在標準賠償額的70%以上。        

4、 第四種情況是在政府默許的狀態(tài)下造成的違法建筑。對于政府應(yīng)積極履責(zé)之行政行為，2年內(nèi)采取以罰代拆、以罰代管等措施或者不作為也應(yīng)推定為政府默許，其原因在于：①過錯責(zé)任原則；②一事不再罰原則；對于這個情形造成的違法建筑，如果在處罰時效內(nèi)，當(dāng)事人應(yīng)承擔(dān)政府默許的舉證責(zé)任，自然應(yīng)當(dāng)完全納入拆遷征收補償范圍;如果在處罰時效之外，即為超過追究時效的存量違法建筑，理應(yīng)按照第一種情況完全納入拆遷征收補償范圍。       

 5、 第五種情況系通過受讓取得他人的違法建筑。對于該種情形的違法建筑具體認定和處理期間應(yīng)從時間節(jié)點溯及至違法建筑的原占有人的“建成”之時。如果該違法建筑在處罰時效之內(nèi)，應(yīng)給予現(xiàn)違法建筑占有人以受讓對價補償，以填平補償當(dāng)事人的直接損失，使當(dāng)事人遭受的損失降至最低;如果在處罰時效之外，也應(yīng)按照第一種情況完全納入拆遷征收補償范圍。        

6、第六種情況為棚戶區(qū)。應(yīng)本著實事求是的原則，采取適當(dāng)補償為宜。       

 7、第七種情況系政府征收時違法吊銷當(dāng)事人證照造成事實上的違法建筑。當(dāng)事人可以根據(jù)《行政訴訟法》第45條等規(guī)定要求補償 及賠償。