第一，造成稅負(fù)不公的現(xiàn)象。電子商務(wù)環(huán)境下運(yùn)用常設(shè)機(jī)構(gòu)認(rèn)定規(guī)則時(shí)，很難確定網(wǎng)址、服務(wù)器、ISP是否為常設(shè)機(jī)構(gòu)，在同等的市場(chǎng)條件下，電子商務(wù)的納稅人承擔(dān)的稅收負(fù)擔(dān)要比傳統(tǒng)交易的納稅人承擔(dān)的稅收負(fù)擔(dān)輕，從而處于更加有利的競(jìng)爭(zhēng)地位。但是，如果政府為了避免大量的稅收收入在電子商務(wù)中流失，匆匆制定新的稅收規(guī)則，則會(huì)導(dǎo)致新的稅收不公。

第二，造成來(lái)源地國(guó)與居住國(guó)之間的稅收利益分配失衡。在電子商務(wù)環(huán)境下，難以認(rèn)定常設(shè)機(jī)構(gòu)的成立，納稅人的經(jīng)營(yíng)地址難以確定，納稅地點(diǎn)也難以掌握，從而弱化了來(lái)源地稅收管轄權(quán)，而居住國(guó)卻可以憑借居民稅收管轄權(quán)對(duì)電子商務(wù)的納稅人加以征稅而取得本應(yīng)屬于來(lái)源國(guó)的那部分稅收，這樣原本由來(lái)源國(guó)和居住國(guó)分享的稅收利益，變成了由居住國(guó)獨(dú)占享有，造成了國(guó)際間稅收利益分配的嚴(yán)重失衡。

第三，引發(fā)國(guó)際重復(fù)征稅的現(xiàn)象。在電子商務(wù)環(huán)境下，來(lái)源地國(guó)往往出于自身利益的考慮，將現(xiàn)行的稅收管轄權(quán)規(guī)則重新做出對(duì)自己有利的解釋。當(dāng)主張居民稅收管轄權(quán)的國(guó)家與主張所得來(lái)源地稅收管轄權(quán)的國(guó)家發(fā)生爭(zhēng)議的時(shí)候，雙方不能依據(jù)現(xiàn)行稅收協(xié)定確定稅收分配比例，引起雙重征稅，勢(shì)必嚴(yán)重阻礙電子商務(wù)的發(fā)展。

第四，加劇了國(guó)際逃避稅現(xiàn)象。在跨國(guó)電子商務(wù)中，分處不同國(guó)家的當(dāng)事人之間通過(guò)國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)絡(luò)可以直接在計(jì)算機(jī)上完成談判、訂貨、付款等交易行為。這樣在來(lái)源國(guó)境內(nèi)設(shè)立營(yíng)業(yè)場(chǎng)所、固定機(jī)構(gòu)或委托營(yíng)業(yè)代理人開(kāi)展業(yè)務(wù)的傳統(tǒng)方式就失去了其存在的意義，從而引起國(guó)際避稅的問(wèn)題。

另外，如果把網(wǎng)址或服務(wù)器作為常設(shè)機(jī)構(gòu)，它的所在地與參與經(jīng)濟(jì)活動(dòng)之間是可以分離的，利用網(wǎng)址經(jīng)營(yíng)的企業(yè)將服務(wù)器放在避稅港，便可以達(dá)到逃避來(lái)源地稅收管轄的目的，造成國(guó)家稅收的大量流失。