子商業(yè)匯票是新型的無紙化的支付結算工具，它是流轉于電子商業(yè)匯票系統(tǒng)內的數(shù)據電文，因此諸如票據的真?zhèn)巍⒈９堋鬟f、詐騙等原有票據市場常見的風險將不復存在。電子商業(yè)匯票面臨的風險基本上就等同于電子商業(yè)匯票系統(tǒng)所面臨的信息技術的安全風險問題了，比如說數(shù)據文件丟失、系統(tǒng)運行癱瘓、網絡遭遇攻擊，各種病毒入侵等。

據中國票據網從有關渠道了解，針對電子商業(yè)匯票可能遇到的各種安全威脅和風險，人民銀行和各商業(yè)銀行、財務公司做了積極地、全面的預防措施。首先在軟硬件物理環(huán)境上，電子商業(yè)匯票系統(tǒng)采用高可靠性的網絡和計算機設備，數(shù)據信息全部采用加密加押，對系統(tǒng)用戶進行權限控制，對節(jié)點采取簽到控制，建立異地災備系統(tǒng)和病毒防范等防范措施，確保系統(tǒng)運行的安全穩(wěn)定。同時，商業(yè)銀行和財務公司在各自的系統(tǒng)建設中也充分考慮了安全因素，制定了行內安全運行措施和應急方案。此外，為保障電子商業(yè)匯票系統(tǒng)安全穩(wěn)定運行，在規(guī)章制度方面，中國人民銀行已經制訂了《電子商業(yè)匯票系統(tǒng)運行管理辦法》、《電子商業(yè)匯票系統(tǒng)證書管理辦法》、《電子商業(yè)匯票系統(tǒng)危機處置預案》。其中，《電子商業(yè)匯票系統(tǒng)運行管理辦法》從崗位管理、操作管理、系統(tǒng)維護管理、安全管理、機房管理、設備管理、文檔管理和故障處理等方面進行規(guī)定，防范系統(tǒng)運行風險;《電子商業(yè)匯票系統(tǒng)證書管理辦法》從崗位職責和證書管理方面對數(shù)字證書管理進行詳細規(guī)定;《電子商業(yè)匯票系統(tǒng)危機處置預案》明確了對于突發(fā)事件的危機處置、預防與預警、應急保障等方面的處置流程。