對于衛生行政部門來說，處理的依據，是醫療事故技術鑒定委員會作出的鑒定結論。我國的醫療事故技術鑒定委員會在省、自治區分為三級，即省級醫療事故技術鑒定委員會、地區級(設區的市級)醫療事故技術鑒定委員會、縣級醫療事故技術鑒定委員會;在直轄市分為二級，即市級醫療事故技術鑒定委員會、區縣級醫療事故技術鑒定委員會。

醫療事故技術鑒定委員會通常由有臨床經驗、在當地有一定權威、作風正派的中級職稱以上衛生技術人員和衛生行政管理干部若干人組成。在省、自治區、直轄市醫療事故技術鑒定委員會中，通常還要有法醫參加。醫療事故技術鑒定委員會的人選由衛生行政部門提名，報同級人民政府批準。

醫療事故技術鑒定委員會負責本行政區域內的醫療事故技術鑒定工作。也就是說，省級醫療事故技術鑒定委員會負責全省(自治區、直轄市)的醫療事故技術鑒定工作;地區級(設區的市、自治區)醫療事故技術鑒定委員會負責全地區(設區的市、自治州)醫療事故技術鑒定工作;縣級(縣級市)醫療事故技術鑒定委員會負責全縣(縣級市)醫療事故技術鑒定工作。通常先由縣級醫療事故技術鑒定委員會進行鑒定，醫患雙方對縣級醫療事故技術鑒定委員會作出的鑒定結論沒有異議的，該鑒定結論即可作為確定醫療事故的依據。如果醫患雙方對縣級醫療事故技術鑒定委員會所作出的鑒定結論有異議時，可以向上一級醫療事故技術鑒定委員會，也就是地區級醫療事故技術鑒定委員會申請重新鑒定。醫患雙方對地區級醫療事故技術鑒定委員會所作出鑒定結論沒有異議的，該鑒定結論即可作為確定醫療事故的依據。如果醫患雙方對地區級醫療事故技術鑒定委員會所作出的鑒定結論有異議時，可以向上一級醫療事故技術鑒定委員會，也就是省級醫療事故技術鑒定委員會申請重新鑒定。省級醫療事故技術鑒定委員會所作出的鑒定結論為最終鑒定。

醫療事故技術鑒定分為申請鑒定和委托鑒定兩種。申請鑒定是指由病人及病人家屬或者醫療機構向醫療事故技術鑒定委員會提出申請，由醫療事故技術鑒定委員會進行鑒定;委托鑒定是指由衛生行政機關或者法院委托醫療事故技術鑒定委員會，由醫療事故技術鑒定委員會進行的鑒定。這兩種鑒定代表了兩種不同的鑒定程序。有些省、自治區、直轄市規定，凡提請衛生行政機關處理醫療事故或者，必須先經過醫療事故技術鑒定。即先向醫療事故技術鑒定委員會申請鑒定，經醫療事故技術鑒定委員會技術鑒定后，再提請衛生行政機關處理。另有些省、自治區直轄市規定，凡醫療事故技術鑒定的申請，由衛生行政機關受理。即申請醫療事故技術鑒定和提請衛生行政機關處理醫療事故兩種行為合二為一，一并向衛生行政機關進行鑒定，然后根據鑒定結論作出處理決定。

申請醫療事故技術鑒定應當按規定交納鑒定費，并提交申請書以及規定提交的其他材料和證據。申請鑒定應當提交的材料包括：

①。提交的鑒定申請書一式三份，要寫明申請人姓名、性別、年齡、住址、工作單位、聯系電話、與病人的關系以及病人姓名、性別、年齡、職業、住院號、住址、工作單位、事故或糾紛發生的時間等，然后提出申請鑒定的理由。曾經過醫療事故技術鑒定的要寫明原鑒定結論。最后由申請人簽字蓋章;②申請人部位的介紹信。主要是證明申請人的身份;③陳述意見書;④或病歷摘要、各種檢查診斷報告單的原件或復印件;⑤進行過尸體檢驗的要提供報告;⑥證人證言。如有人作證，可制作證人證言。證人證言要寫明證人姓名、工作單位、住址、聯系電話，證明的事實要寫明時間、地點、事實經過，最后由證人簽字蓋章或在證詞上留下指紋印;⑦進行過醫療事故技術鑒定的要提供原鑒定報告書;⑧有關物證;⑨醫療事故技術鑒定委員會要求提供的其他材料。

醫療事故技術鑒定委員會受理鑒定申請后，通常要指定承辦人負責輸，對于材料不齊全的，要求醫患雙方補充材料，并對申請人提供的有關材料和醫患雙方補充我材料進行調查核實，在規定的時間內寫出報告和摘要，報送鑒定委員會各委員，由委員會召開鑒定會。