土地承包經營權應予進行補償的理論根據：

農村土地承包合同是實質的民事合同

理論界有著關于“農村土地承包經營合同”具有行政合同屬性的觀點，但筆者堅持認為，“農村土地承包經營合同”應為民事合同范疇，受到《合同法》的調整。

我國雖然存在著土地所有權主體、使用權主體和管理監督主體相混的現狀，也就是這些權利大多數集中于政府機構。在農村也是這樣，土地使用的發包方和基層土地管理者都屬于農村的基層自治組織。但是，農村土地承包的合同訂立，由于明確了承包者的不可剝奪的權利，這合同明顯是建立在土地所有權人和土地使用權人之間的平等主體之間的民事權利義務關系的協議。對于涉及土地問題的監管責是合同關系之外的單純行政行為。這里，必須不能在土地承包經營關系中將發包方的各種權能、角色混同。

在1999年的《最高人民法院關于審理農業承包合同糾紛案件若干問題的規定(試行)》中規定了“農業承包合同的當事人因承包合同糾紛向人民法院起訴的，人民法院應當受理。”而且還規定“農業承包合同糾紛，由承包合同履行地或者被告所在地人民法院管轄。”通過這些規定，人民法院在承包合同糾紛的司法裁判中適用的是經濟合同審理原則。2003年的《農村土地承包經營法》的實施，更是顯示了農村土地承包合同的民事合同屬性，其中第13、14、16、17條就明確規定了合同發包方和承包方各自權利義務，并且該法的明顯加強承包方權利限制發包方權利的內容，也事實上扯去了立法前農村土地承包經營合同的行政合同色彩。可以講，“集體經濟組織”或是“農村的村委會”已不是土地承包經營合同的管理者，而是作為土地所有者面對土地承包經營者所形成的平等主體間的民事法律關系。“農村土地承包經營”將走出與“簡單農地使用”的概念混淆。那么，作為民事合同范疇，面對所經營的土地即將被征占，也就是面對“農村土地承包經營合同”的終止，“土地承包經營權”的補償依據何在?

國家為公益事業征占土地是具有強制性的，征地的行政行為將導致“農村土地承包合同”的終止。《土地管理法》第47條規定“征用土地的按照被征用土地的原有用途給予補償”，也就是說，征地補償是法律確定的原則。“農村土地承包經營合同的終止”對于發包方來說喪失的是土地所有權和因土地發包而得的收益，對于承包經營方喪失的就是“土地的使用權和土地經營權”，上述的內容均屬應與補償的范疇。

另外，征地行為是帶有行政行為性質的國家強制行為，但是，土地補償費顯然具有民事屬性，土地補償請求權也同樣屬于民事權利的特征。因此，基于帶有民事性質的補償，補償單位與補償收益方應該也是平等法律關系，在法律的補償規范中，農村土地承包經營合同的雙方主體具有平等的獲得補償的權利現實中，忽略或是虛擬“土地承包經營權”的被補償客體地位是違背民事法律中“公平原則”的，“農村土地承包經營合同”中的承包方享有的“土地的承包經營”和“收益權”，以及“土地承包的投入損失”是不應因土地的征用而被剝奪的二、農村土地承包經營權屬于物權目前，我國的《物權法》正在起草和征詢意見的過程中，農村土地承包經營權屬于物權一種的觀點被許多人支持，“農村土地承包經營權”具備物權的特征，在征地補償工作的立法和政策制定上應作為物權加以保護。