那么，現行的新股發行制度到底存在哪些問題呢?或者說有哪些是需要著重加以修改的呢?在筆者看來，最主要的是在發行對象的選擇與詢價制度的制定上。

先講發行對象，雖然在理論上，現在的新股除了對極個別的為法律、法規禁止的人士之外，其他人士都可以參與申購。但是從實際情況來看，真正能夠比較有把握申購到新股的，只是少數機構投資者。

由于發行方式分網上網下，而且參與詢價的機構又可以優先獲得配售，新股發行中能夠申購到最大比例的是參與詢價的機構(目前限于基金等六類)，然后是可以參與網下配售的機構(參與詢價的機構也同時能夠再參與網下配售)，其他投資者只能參與網上配售。在實踐中，網下配售的比例大大高于網上，而參與詢價的一般能夠獲得全部發行額度中20%左右的優先配售，因此其實際申購新股成功的比例，顯然又要比網下申購的要高。在這樣一個生態層中，基金等六類機構因為擁有特權而占據了最大的優勢，其他機構則也擁有相對優勢，處于劣勢的則是廣大的普通投資者。在這里，發行制度是傾向于機構的，也保護了其與民爭利的行為。有人說，現在新股發行中，機構既吃獨食，又吃偏食，普通投資者吃的是剩食。語雖尖銳，但也是不無道理。

無疑，現行發行制度在對投資者的選擇上，是非常不合理的。由于在這方面所存在的問題，客觀上也激化了一二級市場的矛盾，并且在機構優先配售部分上市時又成為新股價格大幅度波動的一個因素。對此，廣大普通投資者一直是有意見的，而這也應該是在這次發行制度修改時所要重點予以考慮的。人們希望修改后的發行制度，能夠充分考慮到境內市場以個人投資者為主的實際，對他們予以公平的對待。對于機構在新股配售中所享有的特權，應該予以取消。

另外，現行的新股詢價制度，同樣也弊端很多，且不說在二次詢價中所存在的不當操作，使得詢價成為少數機構展開博弈，以獲取最大量的新股優先配售數的工具，即便是不考慮這一點，現在的詢價制度也難以能夠真正保證新股發行價格的合理，更無法充分揭示供求關系。